Zum Verband gehören vier Einsatzkompanien - Bordeinsatzkompanie, Küsteneinsatzkompanie, Aufklärungskompanie und Minentaucherkompanie - sowie der Bereich Stab, Ausbildung, Weiterentwicklung und eine Unterstützungskompanie. Im Rahmen ihrer Bündnisverpflichtungen, insbesondere bei internationalen Einsätzen zur Krisenbewältigung, Konfliktverhütung und Friedenssicherung findet man die Deutsche Marine weltweit. Der Schutz von Seewegen gehört ebenso zu den Aufgaben wie der Schutz von Schiffen, Häfen, strategisch bedeutsamer Positionen sowie Hilfs-, Rettungs- und Evakuierungseinsätze. Dazu kommen die Bekämpfung von Kampfmitteln unter Wasser und an Land und der Schutz gegen terroristische Angriffe. Nicht wenige Einsätze sind so speziell, dass sie künftig nur von einem Verband durchgeführt werden können: dem Seebataillon. Der "grüne" Verband ist mit modernster Technik ausgestattet. Er verfügt über zahlreiche geschützte Fahrzeuge, ferngesteuerte Unterwasserdrohnen sowie kleine Flugdrohnen. Die Spezialisten arbeiten meist in kleinen Teams, sehr gut ausgebildeten und hochmotiviert. Spezialisierte Kräfte der Bordeinsatzkompanie können sich aus einem fliegenden Hubschrauber auf das Deck eines fahrenden Schiffes abseilen. Soldaten der Marineinfanterie werden gesondert geschult und unterstützen zivile Schiffe bei der Abwehr von Piratenangriffen. Genauso können sie den Schutz von ganzen Hafenanlagen übernehmen. Körperlich und geistig topfitte Soldaten lassen sich zum Minentaucher ausbilden und übernehmen die Aufgaben der Kampfmittelabwehr. Sie können verschiedenste Kampfmittel, wie zum Beispiel Seeminen, identifizieren und unschädlich machen. Besondere Aufmerksamkeit verdienen auch die Aufklärungskräfte, die wichtige Informationen im Einsatzland sammeln und auswerten. Ihnen zugeordnet sind eigene Scharfschützen. Da der Verband aus unterschiedlichen Bestandteilen zusammengesetzt wird, sind die im Bundeswehr Sprachgebrauch beschriebenen „tailored missions“ (maßgeschneiderte Einsätze) möglich, in denen reaktionsschnelle und einzeln zusammengestellte spezialisierte Truppenteile und Gerät in den Einsatz gehen. Das Motto des Seebataillons: „Vom Land zum Meer - Vom Meer zum Land“.
