A origem da povoação de Pereira parece estar ligada às vicissitudes do processo de Reconquista do território aos mouros. Conta a lenda que "… quando os mouros foram expulsos das fortalezas de Coimbra e Montemor-o-Velho, alguns se entrincheiraram num dos pontos altos da margem sul do Mondego, chefiados por Almindo (ou Alminde), muçulmano terrível que deixou fama de carrasco pelas atrocidades e devastações que fazia na região. Os cristãos viviam, nessa altura, em terror permanente perante as barbaridades do desumano Almindo. E, não podendo suportar tal estado de sítio, por muito mais tempo, organizaram contra ele, graças ao entendimento dos alcaides de Coimbra e Montemor-o-Velho, uma corajosa investida que resultou na morte do chefe e na fuga dos companheiros. Libertos do opressor e senhores do local, instalaram uma atalaia de defesa, que protegeram de audazes homens de armas, sob o comando do capitão Pereiro. A lenda adianta que o capitão Pereiro acompanhou Afonso Henriques na luta contra os mouros e que em reconhecimento dos seus feitos o rei lhe deu o senhorio da atalaia, com as suas terras cultivadas e por cultivar, tomando a povoação o nome de Pereira." Em 1158 o lugar já era habitado, uma vez que num documento datado desse ano Paio Guterres refere-se à terra no processo sobre a questão havida entre a Sé e o Mosteiro de Santa Cruz de Coimbra. Teve foral dado pelo rei D. Dinis em 1282, o que atesta a importância da povoação; as suas excelentes condições fizeram com que fosse local de paragem e estadia dos infantes D. Henrique, bem como do rei D. Fernando, em 1372. Em 1476, o rei D. Afonso V doou o senhorio de Pereira (e outras terras) a D. Álvaro, filho de D. Fernando Duque de Bragança, mas em 1496 a Vila passou de novo à posse da Coroa devido à confiscação dos bens do Duque por este ter conspirado contra o rei. O rei D. João II deixou Pereira e o seu reguengo em testamento ao filho D. Jorge, criando a Casa de Aveiro; assim ficou até 1759, altura em que esta Casa foi extinta devido à conspiração levada a cabo contra o rei D. José I. Em 1513, Pereira recebeu foral novo dado pelo rei D. Manuel I. No final do século XVI a povoação e região assistem a um surto de desenvolvimento devido à introdução da cultura do milho, que tornou o vale do Mondego no celeiro de todo o litoral centro. Os séculos XVII e XVIII continuam a marcar épocas de apogeu como pode ser atestado pelo surto de construções civis e religiosas. O Colégio das Ursulinas, fundado em 1748 por D. Catarina Barreto e suas filhas D. Luísa e D. Maria, é o responsável por uma tradição na doçaria que ainda hoje se mantém: as queijadas, as barrigas de freira e os papos de anjo. Em 1831 havia apenas uma freguesia no concelho de Pereira, que contava 457 fogos e 1350 habitantes; o concelho foi extinto em 1836, tendo-se iniciado um período de estagnação e decadência. Em 1842 pertencia ao concelho de Santo Varão, até que este foi extinto em 1853, altura em que passou para o concelho de Montemor-o-Velho. Pela Lei 79/91 de 16 de Agosto, foi Pereira elevada à categoria de Vila, a que se poderá juntar o epíteto de "vila-museu" tal é a variedade e importância do seu património histórico, cultural e paisagístico.
