El poblamiento español se inicia en el siglo XVII con las estancias y mercedes de tierras asentadas en los antiguos pueblos de indios. La población de Alijilán tiene su orígen en la merced de Aliquili concedida a Claudio de Medina; mas tarde se otorga esta merced a Pedro de Lorique y Violanta Godoy; luego se fragmentará en varios propietarios. La estancia Quimilpa, fué merced del Obispado de Tucumán en 1612, en 1614 pasó a manos de los Padres Jesuítas, en 1767 fue adquirida por Tomás Luís Lobo de Mereles, en 1790 por Julián Bepre y sus herederos, los sucesores de Lastenia de Olveira son sus actuales dueños. Propietarios de la merced de Las Cañas, fueron Francisco Peréz de Albarracín en 1714, y Juan Márquez de León en 1727. La estancia Bañado de Ovanta, fue merced del teniente José Ibáñez en 1770. Otras mercedes fuerón las de Achalco, Choya y Los Morteros. El actual territorio del departamento perteneció al curato religioso de Maquijata a comienzos del siglo XVI y mas tarde al Beneficio de la Concepción de Guayamba; en 1748 se creó la parroquia de Concepción del Alto incorporándose a la misma Vilismano, Alijilán y Bañado de Ovanta. En 1782 formó parte del distrito del Concepción del Alto bajo dependencia de la Intendencia de Salta del Tucumán; en 1810 el distrito pasó a formar parte de la Intendencia de Salta y en 1821 de la sección departamental de la Sierra del Alto, con jurisdicción en los actuales territorios de Santa Rosa y El Alto. La ley Nº 308, sancionada por la Legislatura provincial el 20 de mayo de 1878 y promulgada por el decreto Nº 95 del 22 de mayo del mismo año del gobernador Mardoqueo Molina, divide al departamento de El Alto en dos secciones departamentales: El Alto y Santa Rosa. La Sección Departamental de Santa Rosa tiene por jurisdicción las poblaciones que limitan al sur con la sección de El Alto; al este, la provincia de Santiago del Estero; al norte, la provincia de Tucumán y al oeste la sección departamental de Paclín; la cabecera departamental se establece en Las Cañas. El decreto del 22 de Abril de 1895 del gobernador Julio Herrera fija sus limites definitivos: al norte, una línea que partiendo de las propiedades de los Acostas, pase por el paraje de las Jarillas hasta Casa Santa; al Este: la línea del ferrocarril que lo separa de la Provincia de Santiago del Estero; al Sur: una línea que lo separa el Departamento del Alto; al oeste: el río San Francisco hasta Huacra y desde este punto una línea que pasando por Sumampa, termine en la Capellanía. El departamento Santa Rosa, localizado en el este de la provincia, se caracteriza por el desarrollo de la agricultura, ganadería y turismo; tiene su cabecera departamental en la villa de Bañado de Ovanta; existen dos municipios: Santa Rosa (1878) y Los Altos (2001). En el año 2010 la Cámara de Senadores de la Provincia aprobó un proyecto de creación de la Municipalidad de Achalco en este departamento. Municipalidad de Santa Rosa
Sus autoridades residen en la cabecera municipal de Bañado de Ovanta. El municipio no sancionó la Carta Orgánica Municipal. En el año 2001, una parte de su territorio fue segregada para constituir el municipio de Los Altos; su definitiva jurisdicción fue aprobada por el decreto Nº 720 del 8 de agosto del mismo año.
