El objetivo principal de Parque Nacional Islas de Santa Fe es proteger un conjunto de islas en el valle de inundación del río Paraná con bosques ribereños, pajonales y varillales, que cuenta con una gran diversidad de especies de flora y fauna propia de estos ambientes. El Parque Nacional Islas de Santa Fe corresponde a un espacio fluvial crítico no sólo por ser un reservorio de biodiversidad de los humedales del río Paraná, sino también por su provisión de servicios ecosistémicos indispensables para las poblaciones ribereñas y la sociedad toda. El ingreso al Parque Nacional Islas de Santa Fe se encuentra en la localidad de Puerto Gaboto, pueblo costero de tradición pesquera y conocida por su gastronomía de río, que se sitúa a 65 kilómetros de Rosario y a 110 km de Santa Fe, por la autopista que vincula ambas ciudades y la RP 95. En Puerto Gaboto se ubica la Intendencia del Parque y también los embarcaderos a través de los cuales se accede al área protegida por vías navegables. La localidad cuenta con un museo histórico montado sobre una investigación arqueológica sobre el Fuerte Sancti Spiritus, representando un relicto histórico único para el país, ya que fue el primer asentamiento español levantado en el actual territorio argentino. La mayor parte de la superficie del Parque Nacional Islas de Santa Fe está ocupada por pajonales y comunidades de plantas acuáticas, con esteros en los bajos, y bosque higrófilo en los puntos más altos, linderos a los ríos (albardones). La vegetación nativa característica de las islas del valle de inundación del río Paraná medio es, en parte, una ramificación de las selvas y bosques marginales de la selva misionera los cuales se extienden hacia el sur, formando angostas galerías en los albardones de las islas del río Paraná, penetrando hacia el oeste por todos sus afluentes, esteros y lagunas.También existe una influencia de especies vegetales del espinal, y del Chaco húmedo. La variedad de ambientes entre terrestres, acuáticos y de transición que ofrece el Parque, genera diversos hábitats y microhábitats que dan lugar a numerosos refugios naturales propicios para distintas especies lo que permite el asentamiento de una fauna particularmente diversa.