Realizar investigación básica y aplicada de los recursos naturales renovables y del medio ambiente en los litorales y ecosistemas marinos y oceánicos de interés nacional con el fin de proporcionar el conocimiento científico. El Instituto originalmente funcionó como una Estación de Investigaciones, producto de un Convenio entre la Universidad de Giessen de Alemania y la Universidad de los Andes en el año de 1963; originalmente era una entidad que estudiaba la geografía de la región de Santa Marta, no era un escenario de investigaciones marinas y se denominaba Instituto Colombo Alemán de Investigaciones Tropicales-ICAL, cuyo foco era la región de Santa Marta y el tema de investigación la geografía. Al correr del tiempo el Convenio terminó y en el año de 1974 luego de la liquidación del mismo y para no perder lo construido, el Gobierno Nacional decidió transformarlo en el Instituto de Investigaciones Marinas de Punta Betín enfocado en temas específicos del mar casi todos de biología marina, como un Proyecto Especial de COLCIENCIAS, vale aclarar que para aquella época COLCIENCIAS era una entidad del Ministerio de Educación Nacional-MEN que hacía investigación; el Instituto de Investigaciones de Punta Betin funcionó así hasta el año de 1990 cuando COLCIENCIAS deja ser una dependencia del MEN y pasa a ser parte del Departamento Nacional de Planeación-DNP, con ese cambio también se le da un vuelco al trabajo de COLCIENCIAS que deja atrás su función como ente investigador y pasa a dedicarse al fomento de la ciencia. Siguiendo el curso de los sucesos, el gobierno decide liquidar el Instituto de Investigaciones Marinas de Punta Betín, y con la aparición del Sistema Nacional Ambiental y de la Ley del Medio Ambiente, (Ley 99 de 1993), se transforma ese Proyecto Especial de COLCIENCIAS en el Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras “José Benito Vives de Andréis”- INVEMAR, como se conoce legalmente desde 1995: una corporación civil sin ánimo de lucro y vinculada al Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible con autonomía administrativa, personería jurídica, regida por las normas del derecho privado y jurisdicción nacional. El INVEMAR nace como la única entidad del orden nacional, que no posee su Sede Principal en la capital del país, pues al ser un Instituto del mar las oficinas debían estar cerca de él.
