Sin embargo, en lo fundamental se establecía expresamente su competencia total para fiscalizar, inspeccionar y controlar la administración del Tesoro Nacional.
La Contraloría General de la República (CGR) es el organismo rector del Sistema de Control de la Administración Pública y Fiscalización de los Bienes y Recursos del Estado. El Tribunal de Cuentas se origina en la Contaduría Mayor y en la Dirección de Contabilidad del Gobierno, ambas dependencias del Ministerio de Hacienda, pero fue el 14 de octubre de 1899 que el Gobierno del General José Santos Z
elaya López, decretó por Ley de la República la fusión de la Contaduría Mayor con la Dirección de Contabilidad del Estado. Esta Ley que entró en vigencia en 1900, creó el Tribunal Supremo de Cuentas de la República, primer nombre con que se designó al Órgano Superior de Control del Estado. En 1930 y bajo la Presidencia de la República del General José María Moncada Tapia, el Congreso Nacional por petición insistente de la Excelentísima Corte Suprema de Justicia reformó la Ley Creadora del Tribunal Supremo de Cuentas de la República, dejándolo con la simple designación de Tribunal de Cuentas, nada más. Pero por otra parte aún conservaba su vínculo dependiente del Ministerio de Hacienda. Fue hasta el año 1966 que con una nueva Ley Orgánica y siendo Presidente de la República el Doctor René Schick Gutiérrez, se logró la separación completa del Tribunal de Cuentas del Ministerio de Hacienda, conquistando su independencia y Autonomía. Con el triunfo de la Revolución Popular Sandinista, el cambio de las estructuras del Estado abarcó también al Tribunal de Cuentas, y por Decreto No. 86 del 20 de Septiembre de 1979 de la Junta de Gobierno de Reconstrucción Nacional, se creó la Contraloría General de la República como Órgano independiente y Autónomo, y sucesor del Tribunal de Cuentas en sus funciones de fiscalización y control de los bienes y recursos del Estado. Por Decreto No. 625 del 22 de Diciembre de 1980 se emite la primera Ley Orgánica de la Contraloría General de la República. Posteriormente, en el año 2000 se produce la Reforma a la Constitución Política y se establece la Contraloría General de la República dirigida por un Consejo Superior integrado por cinco Miembros Propietarios que son nombrados por la Honorable Asamblea Nacional.
