De authentieke molen, gebouwd in 1621, is nog volledig operationeel en thans in- gericht als museum. In 1446 is aan de Haagsche Vliet de Veenmolen gebouwd die het uitgestrekte gebied op de grens van het Voorburgse en Haagse Ambacht moest bemalen. Dit poldergebied werd begrensd door de Haagsche Vaart, de landscheiding tussen Rijnland en Delfland, de Broeksloot en de Scheijwetering. In 1461 was een tweede molen nodig, omdat één molen niet genoeg was voor het gehele poldergebied. Het gebied werd daarom verdeeld in twee polders, te weten de Veenpolder die door de Veenmolen werd bemalen, en de Binckhorstpolder. Deze laatste polder werd bemalen door de in 1461 gebouwde Binckhorstmolen, die bij het kasteel Binckhorst stond aan de Haagsche Vaart, de huidige Trekvliet. In het begin van de zeventiende eeuw bleek dat de Binckhorstmolen onvoldoende functioneerde, omdat hij niet op de goede plaats stond om de landerijen achter in de polder ook droog te houden. In 1620 besloot het polderbestuur om de Binckhorstmolen te vervangen en een nieuwe molen te bouwen langs de Broeksloot in het midden van de polder. Deze molen stond een eindweegs in de weilanden, en was met een ongeveer honderd meter lange molensloot of voorboezem met de Broeksloot verbonden. De molen werd in 1621 gebouwd en werd werd de Binckhorstmolen genoemd. Het was oorspronkelijk een binnenkruier, maar is later omgebouwd tot een bovenkruier. In de achttiende eeuw werd de naam van de molen gewijzigd in De Vlieger, ook wel Vliegermolen, genoemd naar molenaar Arij de Vlieger. Ook werd duidelijk dat in de Veenpolder een tweede molen moest komen: de Nieuwe Veenmolen die in 1654 is gebouwd. Jarenlang hebben de drie molens gezorgd voor de bemaling van de beide naast elkaar gelegen Veen- en Binckhorstpolder. In 1872 werd een stoomgemaal gebouwd in de Binckhorstpolder om de Veen- en Binckhorstpolder te bemalen. Om het overtollige water uit de Veenpolder bij dit gemaal te brengen, werd een nieuwe watergang naar het gemaal gegraven, de Machinesloot. Het gemaal werd met een ruim 200 meter lange voorboezem aangesloten op de Broeksloot. Samen met de Nieuwe Veenmolen en molen De Vlieger zorgde het gemaal voor de bemaling van de Veen- en Binckhorstpolder. In 1942 werd de aandrijving van het gemaal geëlectrificeerd en werd een centrifugaalpomp aangebracht met een capaciteit van 74.000 liter water per minuut. De twee poldermolens verloren daardoor eigenlijk hun oorspronkelijke functie, maar zij draaiden nog wel regelmatig. Door de verstedelijking was de bemalingsfunctie van de molens komen te vervallen, omdat het water in het gebied werd afgevoerd via de rioleringen. Enkele jaren na de oorlog werden de twee molens door het Hoogheemraadschap Delfland verkocht. De Nieuwe Veenmolen werd op 14 januari 1953 eigendom van een Stichting en molen De Vlieger werd op 12 december 1952 eigendom van de gemeente Voorburg. Er werden plannen uitgevoerd voor de aanleg van een nieuwbouwwijk in de directe omgeving van De Vlieger, maar er werd onvoldoende rekening gehouden met de windvang bij de molen. De molen was zo ingebouwd dat voorstellen kwamen om hem maar af te breken. In 1959 werd de molen van de ondergang gered, dankzij een actie van oprichters van de Stichting Mooi Voorburg. In de jaren 80 besloot de gemeente het gebied rond de molen een nieuwe bestemming te geven. Toen kwam het plan naar voren om De Vlieger te verplaatsen. Bij de reconstructie van de polder Essesteijn in 1989 deed zich de gelegenheid voor om de molen naar dat gebied over te brengen. De spectaculaire verplaatsing in oktober 1989, waarbij de molenromp over de spoorlijn moesten worden getild, kreeg veel aandacht in de pers en de televisie. Nu staat molen De Vlieger al meer dan 25 jaar op zijn nieuwe plaats, en wordt de herinnering aan de Veen- en Binckhorstpolder levend gehouden.
