Ubicada en la cabecera norte del Valle del Mantaro, la actual localización de Jauja acogió en su momento varias expresiones culturales preincaicas. Durante el incanato se estableció el poblado de Hatun. Uno de los episodios más notables que la tradición oral ha rescatado, fue la masacre que el Inca Pachacútec infligió a los huancas de la zona que se levantaron contra el imperio. La tradición señala que el inca ordenó la mutilación de las dos manos a todos los varones y la mutilación de la mano derecha a todas las mujeres. Ese episodio tuvo lugar en la pampa de Maquinhuayo, a escasos cinco kilómetros al sur de la actual ciudad de Jauja. Durante el viaje de los conquistadores hacia la ciudad del Cuzco, Francisco Pizarro decidió la conveniencia de fundar una ciudad que sirviera como cabecera o capital de los territorios que estaba descubriendo. De esa manera, el 25 de abril de 1534, Pizarro funda la ciudad aprovechando el amplio valle en el que se ubicaba (el más ancho de toda la Cordillera Andina. La fundación se realizó bajo el nombre de "Santa Fe de Hatun Xauxa" utilizando la denominación quechua que los incas otorgaron a la localidad. En cuanto al origen del nombre, a pesar de que las raíces etimológicas de la palabra "Jauja" se suelen buscar en vocablos quechuas o aymaras, es más que probable que simplemente se adoptara ese nombre en recuerdo y homenaje a la ciudad española de Jauja, como sucedió con tantos otros topónimos en el proceso de colonización. No debe olvidarse que en castellano antiguo Jauja se escribía "Xauxa" porque la letra X se pronunciaba como una "J" débil, como aún sucede en México. La ciudad española de ese nombre fue fundada por los árabes en el siglo XII sobre poblados mucho más antiguos. En lengua árabe la palabra jauja se puede traducir como pasillo, pasadizo o portillo. Durante el año 1534 Pizarro y su tropa hicieron una prolongada etapa en el valle de Jauja antes de marchar hacia el Cusco, para esa época Jauja con su ameno clima era sede de enormes tampu o tambos (depósitos) en donde los incas habían acumulado enormes cantidades de alimentos, vestimentas y riquezas varias que permitieron a los españoles vivir holgadamente durante meses. Precisamente, esta abundancia fue probablemente lo que les hizo recordar a la española Jauja, en la cual, según relata con exageración Lope de Rueda, las calles estaban empedradas con piñones y por ellas corrían arroyos de leche y de miel. Así se asentó la legendaria magnificencia del valle del Mantaro, y más en concreto del País de Jauja. Los españoles establecieron la ciudad como la primera capital del Virreinato del Perú aunque luego, con la fundación de la ciudad de Lima, se mudó la capital a dicha localidad para aprovechar la cercanía al puerto (actual puerto de El Callao). Esto debido a la importancia que tenía para los conquistadores la comunicación marítima con la metrópoli. Durante la colonia, Jauja pasó a formar un corregimiento dependiente de la intendencia de Tarma, que era la principal ciudad de la zona. Posteriormente fue el pueblo de Huancayo que fue tomando importancia. Durante esta época, Jauja fue reconocida por su clima seco, especialmente beneficioso, según la medicina de la época, para los enfermos de las vías respiratorias y tuberculosis. El hospital de Jauja acogió a muchos residentes españoles que venían desde la capital e incluso la misma metrópolis para atenderse en la ciudad. La Iglesia Matriz de Jauja, ordenada a construir por el conquistador Francisco Pizarro. La riqueza que trajeron estos vecinos hizo que Jauja tomara nuevamente renombre y se reforzara la leyenda del "país de Jauja" donde se afirmaba que de los ríos manaban leche y de los árboles, buñuelos. De hecho, se hizo popular la expresión "Esto es Jauja", que persiste en nuestros días y se aplica cuando en un lugar la riqueza está al alcance de la mano y la vida es fácil y sin restricciones.
