El Comando Conjunto de las Fuerzas Armadas es el órgano de ejecución encargado de planificar, organizar, dirigir y conducir las operaciones y acciones militares conjuntas de las Fuerzas Armadas en función de los objetivos de la Política de Defensa. Asegura la interoperabilidad, accionar, capacitación y entrenamiento conjunto de las Fuerzas Armadas, así como la centralización de las actividades de inteligencia en el ámbito militar. Participa en la concepción y ejecución de la Política de Defensa Nacional. Supervisa y controla el Sistema de Vigilancia de Fronteras. Para efectos del cumplimiento de sus funciones, el Jefe del Comando Conjunto de las Fuerzas Armadas tiene mando y autoridad sobre los Comandos Operacionales y Especiales y fuerzas militares a ellos asignadas, puestas a disposición por las Instituciones Armadas, debidamente preparadas y alistadas, incluyendo recursos materiales y logísticos. Su actividad funcional se rige por la Ley Nº 29075 y las normas legales pertinentes.
