Apariţia instituţiei actuale se leagă de însuşi momentul de întemeiere a statului român modern prin Unirea Moldovei şi a Ţării Româneşti. Imediat după alegerea lui Alexandru Ioan Cuza ca domnitor al Moldovei şi al Tării Româneşti, în ianuarie 1859, a fost înfiinţat la Iaşi şi la Bucureşti câte un Minister al Cultelor. Începând din anul 1862, odată cu unificarea administrativă a Principatelor Romane, a luat fiinţă Ministerul Cultelor, a cărui existență continuă până astăzi. În anii 1867-1921 a funcţionat sub denumirea de Ministerul Cultelor şi Instrucţiunii Publice, tocmai pentru a accentua caracterul principal al activităţii Bisericilor în educaţie şi instrucţie, cunoscându-se faptul că în perioada respectivă şcolile confesionale aveau o mare pondere în sistemul educaţional românesc. După realizarea Marii Uniri din 1918, Ministerul Cultelor şi Artelor a devenit organul central al statului pentru problemele cultelor religioase (1921-1930), pentru a reveni la forma denumirea Ministerul Cultelor şi Instrucţiunii Publice (1930-1939), apoi s-a reorganizat în Ministerul Educaţiei Naţionale, Cultelor şi Artelor (1940-1945), iar în perioada 1946-1957 a redevenit Ministerul Cultelor; din anul 1957 a funcţionat sub denumirea de Departamentul Cultelor. Asocierea cultelor cu artele în perioada interbelică se justifică în special prin activitatea de depistare, restaurare şi conservare a monumentelor istorice religioase, şi prin constituirea şcolii româneşti de restaurare în cadrul Comisiunii Monumentelor Istorice. După decembrie 1989, Departamentul Cultelor redevine pentru o scurtă perioadă Ministerul Cultelor (ianuarie-iulie 1990), după care funcţionează până la finele anului 2000 sub forma de Secretariat de Stat pentru Culte. În aceşti ani, legătura instituţiei cu Guvernul s-a realizat prin intermediul unui ministru de stat, iar în anii 1996-2000 s-a aflat în subordonarea directă a Primului Ministru. Din 29 decembrie 2000 s-a revenit la formula interbelică, Ministerul Culturii şi Cultelor, iar din 29 decembrie 2009 s-a reînfiinţat Secretariatul de Stat pentru Culte, în subordinea directă a Primului Ministru. Din luna mai 2012, Secretariatul de Stat pentru Culte s-a reorganizat ca instituţie publică în subordinea Ministerului Culturii şi Patrimoniului Naţional, fiind condusă de un director general. Din decembrie 2012 Secretariatul de Stat pentru Culte s-a reorganizat ca organ de specialitate al administraţiei publice centrale în coordonarea Primului Ministru.
