În anii ‘90 mișcarea liberală a experimentat o perioadă relativ tumultoasă, caracterizată prin sciziuni succesive, fragmentări și tentative de unificare. Toate au făcut parte din procesul de construcție instituțională a PNL, care a reușit să aducă sub sigla sa nu doar grupările care se revendicau din zona liberalismului, ci s-a impus ca pol de centru-dreapta pe scena politică din România. Ca parte a Convenției Democratice, alianța opoziției unite, PNL a participat la coaliția de guvernare din perioada 1996-2000, deținând portofolii importante în cabinet, precum finanțele și economia pentru o perioadă sau cel al justiției. După 2001 PNL și-a întărit poziția absorbind și alte partide considerate compatibile ideologic și și-a continuat procesul de consolidare organizatorică internă, extinzându-și baza locală și sporindu-și forța filialelor din teritoriu. În 2003 PNL a devenit parte a Alianței Dreptate și Adevăr – Alianța DA PNL-PD, iar după alegerile parlamentare din 2004, președintele PNL de atunci, Călin Popescu-Tăriceanu, a devenit primul premier liberal al României după căderea comunismului. În timpul guvernării PNL, România a atins un nivel de dezvoltare economică fără precedent, sub impulsul unor politici liberale, incluzând reducerea fiscalității, încurajarea inițiativei private și a investițiilor. Din punct de vedere politic, forța electorală a PNL l-a transformat într-unul dintre cele 3 partide mari din România.
În 2009, senatorul Crin Antonescu a devenit președintele PNL și a adus formațiunea politică la cel mai mare scor din ultimele două decenii. De asemenea, Crin Antonescu a fost, după Radu Câmpeanu în 1990, primul liberal care a intrat în competiția prezidențială, în 2009. Programul lui Crin Antonescu din 2009 s-a intitulat „România bunului-simț.” În 2010, ca recunoaștere a performanței politice, Crin Antonescu a fost reconfirmat în funcția de președinte, iar moțiunea pe care a prezentat-o Congresului PNL – „Prin noi înșine, acum!” – a devenit documentul programatic al PNL.
În 2011, Partidul Național Liberal a format alături de Partidul Conservator (PC) Alianța de Centru Dreapta (ACD). Aceasta și-a unit mai departe forțele cu Partidul Social Democrat, punându-se astfel bazele Uniunii Social Liberale (USL), proiectul politic al opoziției unite.
